पेण करणे म्हणजे मुक्काम करणे. पेणे म्हणजे मुक्कामाची जागा. सैन्याचे, व्यापारी लमाणांच्या तांडय़ाचे, घाटावरून उतरणार्‍या प्रवाशांच्या मुक्कामाचे ठिकाण म्हणून या गावाला नाव मिळाले पेण. बुद्धकाळापासून या पेणला जुन्नर - पुणे - नगर पासून माल येत असे. बंदर म्हणूनही पेण मोठे प्रसिद्ध ठिकाण होते. अंतोरे हे पेणचे तरते बंदर होते. ९ व्या ते १५ व्या शतकात पेण हे शिलाहार राजे, स्थानक राजे, यादव राजे, यांच्या अमलाखाली होते. हे गाव मोठी व्यापारी पेठ व समृध शहर म्हणून कोकणात प्रसिद्ध होते.